Система Плотина, аналогично системе Филона, исходит из идеи божества и завершается требованием единения с божеством. Между этими двумя полюсами лежит все, что Плотин учит, с одной стороны, о возникновении производного бытия из божества, и с другой стороны — об его возврате к божеству.
В своём понимании идеи Бога Плотин доводит до крайних пределов мысль о бесконечности и сверхмирности божества. Исходя из допущения, что первичное должно существовать вне производного, мыслимое — вне мыслящего, единое — вне множественного, Плотин читает себя вынужденным вынести последнюю основу всего реального и познаваемого всецело за пределы бытия и познания. Первосущество лишено границы, формы и определений, оно беспредельно или бесконечно; ему нельзя приписать не только телесных, но даже и духовных качеств, — ни мышления, ни воли, ни деятельности. Ибо всякое мышление содержит в себе различие мыслящего от мышления и мыслимого, всякое хотение — различие между существом и деятельностью, т. е. множественность, всякая деятельность направлена на что-либо иное; первое же должно быть замкнутым в себе единством.
Далее, чтобы мыслить или хотеть, или действовать, надо нуждаться в том, на что направлена деятельность; божество же не может нуждаться ни в чем ином. Но оно не может нуждаться и в самом себе, и не может отличать себя от самого себя; поэтому мы не можем приписать ему самосознания. Таким образом, подготовленное Карнеадом отрицание личностной природы божества впервые выступает здесь как принципиальное положение. Согласно этому, божеству вообще нельзя приписать никакого определённого качества: оно есть то, что лежит за пределами всякого бытия и мышления. Для его положительного обозначения лучше всего подходили бы понятия единого и благого; но все же и они недостаточны; ибо понятие единого выражает лишь отрицание множественного, понятие благого — отношение к чему-то иному.
Поэтому можно только сказать, что божество есть основание, к которому мы должны сводить всякое бытие, сила, к которой мы должны сводить все действия; но о его существе мы ничего не можем знать, кроме того, что оно безусловно отлично от всего конечного и известного нам.
Поскольку божество есть первичная сила, оно должно все творить; но так как оно по своему существу возвышается над всем и не нуждается ни в чем ином, то оно не может ни субстанциально передаваться чему-либо иному, ни ставить себе целью созидание иного; поэтому это созидание нельзя мыслить ни (как это делали стоики) как разделение божественной сущности, её частичный переход в производное ни как волевой акт. Однако Плотину не удаётся сочетать эти определения в ясном и непротиворечивом понятии; поэтому он прибегает к помощи образов: единое — говорит он — как бы переливается через край вследствие своего совершенства, оно излучает из себя нечто иное и тому подобное. Происхождение производного из первосущества должно было естественно необходимым, но для самого первосущества ни в каком смысле не должно быть потребностью и не должно быть связано с каким-либо изменением.
Производное всецело зависит от того, из чек оно возникло, оно не имеет бытия, которое не было бы обусловлено первым, оно заполнено им и его существование есть именно его вытекание из первосущества; но производящее остаётся со своей стороны неделимым и вне произведённого, и в этом смысле систему Плотина следовало бы назвать не системой эманации, а системой динамического пантеизма. И так как более раннее по своему существу остаётся вне позднейшего, то последнее необходимо менее совершенно, чем первое, и есть его простая тень или отражение. Это отношение повторяется при каждом новом творении, и для каждого произведённого его участие в высшем опосредствовано его ближайшей причиной.
Таким образом, совокупность существ, возникающих от первосущества, образует лестницу убывающего совершенства, и это убывание продолжается до тех пор, пока в последнем итоге бытие не дойдёт до небытия, и свет — до тьмы.
Первое создание первосущества есть мышление, которое вместе с тем есть высшее бытие; ведь уже предшественники Плотина поместили истинно сущее, идеи в божественное мышление, а Платон приписывал сущему разум и мышление. Плотин пришёл к «первому», потому что стремился выйти за пределы всякого бытия и мышления; естественно, что в лестнице существ бытие и мышление должны непосредственно следовать за «первым». Мышление есть не дискурсивное, а вневременное, завершённое в каждое мгновение, созерцательное мышление; его предметом служит отчасти само «первое», о котором впрочем и это наиболее совершенное мышление не может составить вполне законченного и внутренне единого образа, отчасти же, как у аристотелевского разума, сам разум, как мыслимое или сущее; напротив, мышление не направлено на то, что находится ниже его. Поскольку разум есть высшее бытие, ему присущи пять категорий умопостигаемого мира, которые Плотин заимствует из Платонова «Софиста»: бытие, движение, покой, тождество и различие.
Впрочем, позднейшие неоплатоники, начиная с Порфирия, отбросили эти пять категорий умопостигаемого мира и удовлетворись десятью аристотелевскими категориями, против которых, как против четырёх стоических категорий, Плотин приводил ряд возражений и которые он признавал только для мира явлений. То общее, которое подвергается определению через посредство категорий, Плотин называл неограниченным или интеллигибельной материей, в ней лежит основа множественности, которую разум, в отличие от «первого», несёт в себе, и в силу которой он распадается на сверхчувственные числа или идеи; при этом не только каждому роду, но и каждому единичному существу должна соответствовать, в качестве прообраза его индивидуального своеобразия, особая идея. Вместе с тем Плотин, согласно излюбленной в то время форме понимания, представляет идеи, вместе с Филоном, как действующие силы или духи.
И так как идеи находятся не вне, а внутри одна другой, не смешиваясь, однако, между собой, то они образуют совместно единство интеллигибельного мира.
Из совершенства само собой следует, что и он также должен породить из себя нечто иное, и это его творение есть душа. Она также принадлежит ещё к божественному, сверхчувственному миру: она содержит в себе идеи и есть число и идея; будучи проявлением разума, она есть жизнь и деятельность, и подобно ему, обладает вечной, вневременной жизнью. Но она уже стоит на границе этого мира: будучи сама по себе неделимой и бестелесной, она вместе с тем склоняется к делимому и телесному, о котором она по своей природе должна заботиться и которому она передаёт действия, исходящие от разума. Поэтому она не столь своеобразна, как разум.
Первая душа, или мировая душа не только по своему существу стоит вне телесного мира, но и не действует непосредственно на него; и если Плотин и приписывает ей самосознание, то он находит все же восприятие, воспоминание и рефлексию недостойными её. Эта первая душа излучает из себя вторую, которую Плотин называет природой, и лишь она связана с телом мира так, как наша душа с нашим телом. Каждая из этих душ производит и объемлет множество отдельных душ, которые связаны в ней, как в своём источнике, и из неё распространяются на отдельные части мира. В лице этих частных душ достигнута низшая граница сверхчувственного мира; когда божественная сила спускается ещё ниже, то возникает её наиболее несовершенное проявление — материя.