В своём воззрении на мир явлений и его основании Плотин прежде всего примыкает к Платону. Чувственный мир, в противоположность сверхчувственному, есть область разделённого и изменчивого бытия, подчинённого естественной необходимости, пространственным и временным условиям и лишённого истинной действительности. Основанием этого может лежать лишь в материи, которую мы должны предположить, как всеобщий субстрат всякого становления и изменения. Она — как её описывали уже Платон и Аристотель — есть бесформенное и неопределённое, тень и простая возможность бытия, не-сущее, лишение, пения («нужда»).
Вместе с тем — и это есть уже собственная мысль Плотина, не имевшаяся у Платона — материя есть зло, и даже исконное зло; и она есть зло именно потому, что она есть не-сущее, ибо всякое зло сводится Плотином к недостатку, к небытию; из неё возникает все зло в телесном мире, а из тела — все зло в душе, ем не менее, она необходима: свет должен был в конечном итоге, а самом крайнем удалении от своего первоисточника, обратиться в тьму, дух — в материю; душа должна была произвести телесное бытие, как место своего пребывания. Освещая и организуя то, что находится ниже души, душа вступает в связь с ним; перенося сверхчувственное в материю, которая может лишь последовательно воспринимать его, она созидает время, как общую форму её собственной и мировой жизни.
Эта деятельность души есть, однако, не хотение, а бессознательное творчество, необходимое следствие её существа, и именно поэтому мир не имеет ни начала, ни конца, как Плотин учит вместе с Аристотелем; вместе с тем, по примеру стоиков, он допускает периодический возврат одних и тех же мировых состояний. Но как бы необходима ни была эта деятельность души, она есть все же погружение души в материю, и поэтому Плотин называет её также падением души.
Поскольку этот мир материален, Плотин рассматривает его как тень и отображение истинно сущего, сверхчувственного мира. Но так как его все же творит душа, которая налагает на него черты его прообраза, то все в нем упорядочено согласно числам и идеям и устроено творческими понятиями, которые образуют сущность вещей. Поэтому мир прекрасен и совершенен, насколько это вообще возможно для материального мира. Вполне сохраняя греческое чувство к природе, Плотин отвергает распространённое среди христианских гностиков презрение к природе; и хотя он не допускает основанной на намерении и воле и направленной на единичные явления заботы богов о мире, и понятие провидения сводится у него к естественному воздействию высшего на низшее, но все же он защищает саму веру в провидение как таковую, примыкая к стоической и платоновской теодицее; и это ему удаётся тем успешнее, что его взгляд на свободу воли и на загробное возмездие даёт ему возможность объяснить именно те виды зла, которые более всего затрудняли стоическую теодицею.
К стоикам Плотин примыкает и в своём учении о «симпатии всех вещей»; но тогда как стоики подразумевали под ней лишь естественную причинную связь, у Плотина она означает действие на расстояние, основанное на том, что ввиду сплошной оживлённости и одушевлённости мира все, что испытывает одна его часть, ощущается целым и, вследствие этого, и всеми остальными частями.
В мироздании душа изливается сначала в небо, которому поэтому присуща также самая чистая и благородная душа; наряду с ним стоят звезды, которые и Плотин восхваляет как видимые божества. Возвышаясь над изменчивостью и временной жизнью и потому чуждые воспоминания, произвольного действия или представления о том, что ниже их, звезды определяют ход вещей в низшем мире с естественной необходимостью, которая основана на связи и симпатии вселенной. С другой стороны, Плотин отвергает обычную астрологию и лежащее в её основе представление о произвольном вмешательстве звёзд в ход вещей и ограничивает астрологические предсказания постижением грядущих событий из их естественных знамений.
Пространство между звёздами и Землёй есть местопребывание всех демонов; Плотин разделяет представления платоновской школы об этих существах, хотя он придаёт им иное, психологическое толкование, как, например, в своём учении об эросе.
Из земных существ лишь человек имеет для нашего философа самостоятельный интерес; и если его антропология в её существенных чертах есть лишь повторение платоновской, то в деталях она привносит, помимо аристотелевских элементов, и кое-что своеобразное, свидетельствующее о тонких наблюдениях, главным образом касающихся жизни чувства. Плотин более подробно и в более догматическом тоне, чем Платон, изображает жизнь, которую душа вела в сверхчувственном мире, где она, подобно душам богов, не была подчинена изменению и времени и не имела воспоминания, самосознания и рефлексии, а лишь непосредственно созерцала в себе самой, сущее и первосущество.
Он рассматривает её погружение в тело (причём, по его учению, ещё до этого она на небе облеклась в эфирное тело) одновременно и как естественную необходимость, и как грех, поскольку душа через непреодолимое внутреннее влечение была погружена в тело, соответствующее её природе. Подлинную сущность человека Плотин усматривает в его высшей природе, к которой, однако, через связь с телом присоединилось второе «я», низшая душа, которая хотя и зависит от первой, но от неё простирается до тела. Отношение души к телу он вместе с Аристотелем сводит к отношению действующей силы к её орудию, и потому доказывает, что душа объемлет тело непространственно, что она присуща всем частям тела, не разделяясь сама по себе и не смешиваясь с частями тела; душа воспринимает и переживает все, что происходит в теле, но при этом сама по себе не испытывает изменений.
Страдательные состояния души и деятельности души, касающиеся области чувственного, он пытается представить как процессы, которые совершаются отчасти в теле, отчасти в теле и низшей душе сообща, и которые высшая душа только воспринимает. С другой стороны, разум и высшая душа сами по себе действуют бессознательно, и лишь через посредство рефлексии и отражения это их действование превращается в сознательное. Он решительно защищает свободу воли против стоического и всякого иного фатализма, но его исследования по этому вопросу не особенно глубоки, и со своей стороны он повторяет утверждение, что все дурное совершается недобровольно. Он соединяет свободу с провидением посредством соображения, что добродетель свободна, но то, что она совершает, вплетено в общую связь хода вещей. Плотин воспроизводит далее платоновские доказательства бессмертия души, но с другой стороны сам же колеблет его тем, что, по его учению, души в сверхчувственном мире не помнят своей земной жизни.
Душа в своих странствованиях переходит, по его учению, даже в тела растений; возмездие, к которому приводит это странствование, содержит доведённые до мельчайших подробностей кары, основанные на строгом jus talionis.